Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms