Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 TUBB2A-201ENST00000333628 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CLASP2-218ENST00000487200 1940 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 TRMT2B-203ENST00000372939 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AHCY-205ENST00000538132 2366 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AL359183.1-201ENST00000623796 2132 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ALKBH1-201ENST00000216489 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 TCAF1P1-201ENST00000414990 2232 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ZDHHC8P1-202ENST00000418264 1403 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ZNF607-201ENST00000355202 4364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 MAP7-204ENST00000454590 3119 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PRAMEF25-201ENST00000614839 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PRAMEF26-201ENST00000624207 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 STMN1-206ENST00000455785 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CDC45-201ENST00000263201 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ST20-AS1-201ENST00000560255 4223 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 DPAGT1-217ENST00000639704 1719 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PRDX1-202ENST00000319248 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 OTOS-201ENST00000319460 566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 KRTAP10-11-201ENST00000334670 1237 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PIFO-201ENST00000369737 746 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AC114781.1-201ENST00000450559 1028 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 RPL35P1-201ENST00000450819 370 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 POLR2J3-217ENST00000513438 546 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AC091564.6-201ENST00000526633 487 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AC127496.3-201ENST00000576032 494 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CACNA1C-231ENST00000616390 2833 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 SIGLEC6-204ENST00000391797 1391 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AGBL3-202ENST00000435976 2495 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ANKMY1-204ENST00000391987 3221 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PTPRH-202ENST00000376350 3877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PROZ-201ENST00000342783 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 TMUB2-205ENST00000587172 1598 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 KIAA0141-201ENST00000194118 2203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CCT6P3-201ENST00000419314 3702 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 KCNT1-209ENST00000490355 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CLPB-209ENST00000538039 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PRMT5-202ENST00000324366 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ASPG-206ENST00000551177 4851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 KDELC2-201ENST00000323468 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 STXBP1-201ENST00000373299 3765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 DYNC1I2-204ENST00000409317 2196 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 APP-205ENST00000358918 2366 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ANKMY1-208ENST00000405002 3304 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CHRNA2-207ENST00000520933 2497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ARSG-209ENST00000621439 2599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AS3MT-202ENST00000615257 1723 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ATP5A1-201ENST00000282050 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 TMEM63C-201ENST00000298351 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 MLX-202ENST00000346833 2334 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 UMODL1-203ENST00000400424 5516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 SSBP2-220ENST00000615665 4465 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 VPS9D1-201ENST00000389386 2748 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 MAPK4-201ENST00000400384 4770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AKNA-203ENST00000312033 3334 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 MRPL55-207ENST00000366733 834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 HIST1H4B-201ENST00000377745 438 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 IGLJ1-201ENST00000390320 127 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 SYCE3-201ENST00000402753 342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 GGT8P-201ENST00000418938 532 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AP001092.1-201ENST00000433606 469 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 HIST1H2APS2-201ENST00000454426 370 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ARHGEF26-AS1-203ENST00000480639 582 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 VTI1BP1-201ENST00000486325 700 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 DMKN-256ENST00000492341 738 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 MBP-227ENST00000526111 581 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CYB561A3-208ENST00000536915 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 RN7SL605P-201ENST00000577229 281 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 FAAP24-203ENST00000589646 836 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AC008687.1-201ENST00000591656 786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 TNFRSF10A-204ENST00000613472 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ATP6V0D1-218ENST00000602876 1554 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PRKAB1-205ENST00000540121 1673 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ZNF485-202ENST00000374435 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AC115284.2-201ENST00000624646 2054 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 NEK4-202ENST00000383721 2576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 BX255923.2-202ENST00000620833 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 SMARCA2-214ENST00000450198 5602 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 GRM7-203ENST00000389336 2901 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AC019294.4-201ENST00000561777 2905 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 SYNPR-209ENST00000478300 2709 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 LINC01756-201ENST00000417651 2148 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 BEST1-208ENST00000534553 1829 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 BISPR-204ENST00000634675 1806 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 ACKR1-202ENST00000368122 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AAAS-202ENST00000394384 1703 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 GLT6D1-201ENST00000371763 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 FPR2-203ENST00000598953 1544 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 PPHLN1-223ENST00000610488 1521 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 GLT6D1-202ENST00000613244 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 FAM9B-201ENST00000327220 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 TRAK1-203ENST00000396175 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 MAGED4B-201ENST00000335504 2578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CCDC149-208ENST00000635206 2362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 AL591806.3-201ENST00000289779 2096 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SMARCA1P28370 CKAP2-202ENST00000378034 1972 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.3 ms