Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC39Q9UFE4 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms