Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS54Q9P1Q0 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS54Q9P1Q0 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms