Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCAL1Q9NZC9 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCAL1Q9NZC9 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms