Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms