Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
SF3A1Q15459 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SF3A1Q15459 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms