Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC29.85■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC29.83■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.36
HOXC9P31274 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
HOXC9P31274 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms