Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL9A1P20849 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL9A1P20849 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms