Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ERN2-201ENST00000256797 3549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SP140L-203ENST00000415673 2665 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FAM13B-203ENST00000425075 3098 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 RBM15-204ENST00000617047 3284 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 KCNH1-205ENST00000638498 3479 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 UBR7-201ENST00000013070 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ATP1B3-201ENST00000286371 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL359510.2-201ENST00000624958 2249 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CAST-223ENST00000508608 2425 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 STAT3-202ENST00000389272 2615 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 VAMP1-201ENST00000361716 3449 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PPFIA4-210ENST00000599966 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SULT2A1-201ENST00000222002 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 RBM25-204ENST00000526754 1567 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FAM167A-AS1-203ENST00000624614 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 OFD1-203ENST00000380567 3736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 BDH1-201ENST00000358186 3330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TCF3-202ENST00000344749 4289 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 A1CF-204ENST00000373997 2116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CICP9-201ENST00000444451 1913 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PDE4DIP-227ENST00000529945 8824 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MCM2-201ENST00000265056 3622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PNMA3-203ENST00000619635 3627 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL033529.1-201ENST00000480336 3447 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ZCCHC8-207ENST00000543897 5663 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TRIM60-201ENST00000341062 1867 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 GRM4-209ENST00000609222 3176 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 RALGPS1-201ENST00000259351 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 HTR4-203ENST00000377888 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PRAME-201ENST00000398741 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CPT1C-217ENST00000598293 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC092139.4-201ENST00000624318 2794 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ALKBH1-201ENST00000216489 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MED24-204ENST00000394128 3479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 NUDT2-203ENST00000379158 1075 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FBXL12-202ENST00000585379 956 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 C1R-209ENST00000542285 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MRGPRX4-201ENST00000314254 1444 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MIR762HG-203ENST00000570025 1429 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 DFFA-202ENST00000377038 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 DPYSL2-206ENST00000523027 2130 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PAX3-205ENST00000392069 3170 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TMEM182-201ENST00000409173 3198 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PGRMC1-201ENST00000217971 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 GRIK5-202ENST00000301218 3310 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CSF3-204ENST00000394149 1583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AKNA-201ENST00000223791 4414 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TMEM168-201ENST00000312814 7470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FRMD1-205ENST00000440994 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MEF2D-204ENST00000464356 5598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CDC20-201ENST00000310955 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL357060.2-202ENST00000606998 1959 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MAGEL2-201ENST00000532292 4298 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FAM198B-207ENST00000592057 3425 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ARRDC5-201ENST00000381781 1638 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 OSBPL2-203ENST00000439951 3886 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 USB1-207ENST00000563149 1751 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TACC3-212ENST00000612220 1756 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AGAP3-205ENST00000463381 2730 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ZNF398-201ENST00000426851 5268 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TBC1D3P2-203ENST00000581291 2088 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 Z82188.2-201ENST00000419128 630 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL513211.1-201ENST00000429053 483 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC034228.2-201ENST00000432558 459 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC003686.1-201ENST00000550956 1034 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 GLUD1P2-203ENST00000631118 486 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.8 ms