Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ADH1B-207ENST00000639454 1210 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 PI4K2A-201ENST00000370631 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 NRP1-202ENST00000374816 2804 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 RGMA-204ENST00000543599 3174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 KCP-203ENST00000610776 5108 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ZDHHC6-202ENST00000369405 2170 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 PAPSS2-201ENST00000361175 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ATF3-202ENST00000341491 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 RNF121-211ENST00000530137 2202 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 LINC00675-202ENST00000581851 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CCDC175-201ENST00000281581 2487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 GRIN1-206ENST00000371559 3577 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 EML4-203ENST00000402711 3568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC148477.2-201ENST00000537762 3039 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 MLXIPL-204ENST00000414749 3224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CSF2RB-203ENST00000406230 2895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CPEB2-205ENST00000442003 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ATP2C1-214ENST00000508532 4969 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ARMCX4-202ENST00000423738 7424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 FXR1-214ENST00000480918 1996 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 LDLRAD3-202ENST00000524419 1996 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 TUSC3-201ENST00000382020 3683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AGAP5-201ENST00000374094 2394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ACTR2-205ENST00000542850 1429 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CYP2B6-202ENST00000593831 1426 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC005014.1-201ENST00000432006 2976 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC007666.1-201ENST00000443935 1838 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 USP44-202ENST00000393091 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ABCC6-208ENST00000622290 4941 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC020658.7-201ENST00000624274 2442 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ENO2-205ENST00000535366 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 PGLYRP3-201ENST00000290722 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 GDPGP1-201ENST00000329600 1193 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 HIST1H2BK-201ENST00000356950 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 PFDN6-204ENST00000395131 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 OR7E155P-201ENST00000412208 1014 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 LINC01656-201ENST00000415702 630 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AL355482.2-201ENST00000428646 1145 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AL137856.1-201ENST00000429398 773 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC114763.1-201ENST00000431985 928 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC022201.1-201ENST00000452525 577 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 LINC00892-203ENST00000454385 686 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 BPIFB5P-201ENST00000457066 1099 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CU639417.1-201ENST00000464664 460 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 LRRC75A-AS1-214ENST00000487066 763 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 FAM213AP2-201ENST00000521579 683 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 USB1-205ENST00000561743 1135 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 RN7SL162P-201ENST00000579233 292 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 NMRK2-204ENST00000599576 691 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 H2BFS-201ENST00000599962 460 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CRABP2-204ENST00000621784 1033 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ALDOA-229ENST00000636698 420 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ESR1-214ENST00000638569 132 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 SRP9-201ENST00000304786 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 COL6A2-201ENST00000300527 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ARRDC4-201ENST00000268042 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 EIF4G1-201ENST00000342981 5667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 KBTBD12-202ENST00000405109 5727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 DDX50-201ENST00000373585 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 PHYHD1-203ENST00000372592 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 OXSM-201ENST00000280701 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC091807.1-201ENST00000418838 1544 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CLASP2-204ENST00000399362 7282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 C20orf166-AS1-203ENST00000475015 2585 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC000120.1-201ENST00000414227 1589 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC022028.2-201ENST00000474115 2619 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 TGM1-202ENST00000544573 1581 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC005154.3-201ENST00000419639 1393 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CCT6B-201ENST00000314144 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 TCAF1-205ENST00000479870 5733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CNGB1-202ENST00000311183 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ATG4C-201ENST00000317868 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 KCNH6-202ENST00000456941 2928 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 STX1B-201ENST00000215095 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 ACER1-201ENST00000301452 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 Z97653.2-201ENST00000623057 1418 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 TRIB2-201ENST00000155926 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 NDFIP2-205ENST00000612570 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 DDN-201ENST00000421952 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 GAPDHS-201ENST00000222286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 OR2V1-204ENST00000641551 2423 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 DAZL-201ENST00000250863 3104 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 PCBD1-201ENST00000299299 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 CALML6-201ENST00000307786 1101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 KCNK18-201ENST00000334549 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 KRTAP1-3-201ENST00000344363 972 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 RPE-208ENST00000436630 1128 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AC015818.1-201ENST00000451011 244 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 AL445471.1-201ENST00000456316 820 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMARCA1P28370 PRRC2B-207ENST00000458550 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 193.4 ms