Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
CCDC87Q9NVE4 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC87Q9NVE4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.3 ms