Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS39Q96JC1 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms