Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
USP54Q70EL1 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC30.27■■■□□ 2.44
USP54Q70EL1 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
USP54Q70EL1 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
USP54Q70EL1 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.44
USP54Q70EL1 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC30.24■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP54Q70EL1 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC30.2■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP54Q70EL1 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms