Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC88AQ3V6T2 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC88AQ3V6T2 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC88AQ3V6T2 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC88AQ3V6T2 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms