Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL7A1Q02388 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms