Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BDNFP23560 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BDNFP23560 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BDNFP23560 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BDNFP23560 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BDNFP23560 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BDNFP23560 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BDNFP23560 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
BDNFP23560 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
BDNFP23560 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
BDNFP23560 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
BDNFP23560 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
BDNFP23560 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BDNFP23560 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BDNFP23560 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BDNFP23560 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BDNFP23560 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BDNFP23560 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
BDNFP23560 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms