Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
KLHL28Q9NXS3 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
KLHL28Q9NXS3 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
KLHL28Q9NXS3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms