Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC20.45■□□□□ 0.87
EXOSC3Q9NQT5 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC3Q9NQT5 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 108.5 ms