Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SHANK3Q9BYB0 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms