Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC28BQ9BUN5 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC28BQ9BUN5 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms