Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
TRIM56Q9BRZ2 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM56Q9BRZ2 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms