Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC42Q96M95 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms