Protein–RNA interactions for Protein: Q8IVD9

NUDCD3, NudC domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUDCD3Q8IVD9 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
NUDCD3Q8IVD9 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUDCD3Q8IVD9 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUDCD3Q8IVD9 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms