Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
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