Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CtcfQ61164 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CtcfQ61164 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CtcfQ61164 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
CtcfQ61164 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CtcfQ61164 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CtcfQ61164 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CtcfQ61164 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CtcfQ61164 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CtcfQ61164 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CtcfQ61164 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CtcfQ61164 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CtcfQ61164 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CtcfQ61164 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CtcfQ61164 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CtcfQ61164 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CtcfQ61164 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CtcfQ61164 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CtcfQ61164 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CtcfQ61164 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CtcfQ61164 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CtcfQ61164 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CtcfQ61164 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
CtcfQ61164 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CtcfQ61164 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CtcfQ61164 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CtcfQ61164 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CtcfQ61164 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CtcfQ61164 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CtcfQ61164 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CtcfQ61164 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CtcfQ61164 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CtcfQ61164 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CtcfQ61164 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CtcfQ61164 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CtcfQ61164 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CtcfQ61164 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CtcfQ61164 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CtcfQ61164 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CtcfQ61164 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CtcfQ61164 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CtcfQ61164 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
CtcfQ61164 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CtcfQ61164 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CtcfQ61164 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CtcfQ61164 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CtcfQ61164 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CtcfQ61164 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms