Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AL050341.2-201ENST00000567508 1541 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 GRK6P1-201ENST00000400595 1711 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ALOX15-202ENST00000570836 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 JPH4-205ENST00000622501 3489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ZFAND1-201ENST00000220669 1798 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ZFAND1-221ENST00000523096 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 LINC01230-201ENST00000625222 3017 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PLEKHG6-202ENST00000304581 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ELMOD3-201ENST00000315658 2685 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 HOPX-202ENST00000337881 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AL009178.2-201ENST00000597278 2719 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AIG1-203ENST00000367596 559 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TCEAL5-201ENST00000372680 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TUBB2BP1-201ENST00000404155 871 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SNHG14-201ENST00000414175 610 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC026412.1-206ENST00000502273 206 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 METTL23-211ENST00000589977 617 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC005786.2-201ENST00000592368 369 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC008687.7-203ENST00000598442 551 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.156-201ENST00000622344 262 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 BCRP2-203ENST00000461808 1832 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 C21orf58-202ENST00000397679 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 FAM224B-201ENST00000458667 2032 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 IFT172-202ENST00000359466 2207 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PSG8-AS1-201ENST00000425668 1873 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 CAMK2D-204ENST00000394522 2696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SLC2A14-205ENST00000535295 1732 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 LPGAT1-201ENST00000366996 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AL391097.1-201ENST00000432706 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 APOBEC3A-201ENST00000249116 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PTGR1-205ENST00000407693 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ATP6V1B1-201ENST00000234396 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 NDUFAF6-201ENST00000396111 1869 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 EPHX2-207ENST00000521400 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ITGB2-203ENST00000355153 2913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC007389.3-201ENST00000420724 1656 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 APEX1-201ENST00000216714 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 MRPS28-201ENST00000276585 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 MRPL55-219ENST00000391867 685 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 CD79B-203ENST00000392795 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RPS7-202ENST00000403564 764 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 SAPCD1-AS1-202ENST00000419679 461 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PLA2G6-210ENST00000435484 612 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TREX1-203ENST00000456089 629 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AL662899.2-201ENST00000503322 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 ACER3-205ENST00000526597 1269 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 AC004923.3-201ENST00000527532 355 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
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TCOF1Q13428 AC016582.2-202ENST00000587765 1094 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 PRR20FP-201ENST00000603320 180 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 RHOH-219ENST00000614836 2114 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 GTF3A-209ENST00000640289 1098 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 TSC22D3-204ENST00000372384 2199 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TCOF1Q13428 LYPLA1-202ENST00000343231 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
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TCOF1Q13428 GTF2F2-201ENST00000340473 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
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TCOF1Q13428 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 BBS2-201ENST00000245157 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 TPO-205ENST00000382201 2956 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 FAM189A2-202ENST00000303068 2051 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 NLRX1-204ENST00000409991 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AL359878.1-201ENST00000381466 1886 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ZNF663P-201ENST00000400371 2722 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 RXRG-201ENST00000359842 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DDX19B-208ENST00000563392 1760 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ANXA3-202ENST00000503570 1524 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 IZUMO1R-201ENST00000328458 798 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 RBP4-203ENST00000371469 814 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 HLA-W-207ENST00000439514 771 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AL121894.1-201ENST00000450971 436 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC022201.1-201ENST00000452525 577 ntTSL 4 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 RPSAP70-201ENST00000504462 864 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 GOLT1B-206ENST00000542038 933 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 TLE2-205ENST00000586422 389 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 TMUB2-205ENST00000587172 1598 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 PEX5-207ENST00000455147 2689 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ANO10-203ENST00000396091 2419 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 COPS5-203ENST00000517736 1621 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 TAGLN-207ENST00000532870 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 WDR24-201ENST00000248142 2763 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 RTN3-210ENST00000540798 3124 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 UBL7-206ENST00000565335 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
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