Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 GJB1-201ENST00000361726 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIG1P18858 ERLIN1-202ENST00000407654 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIG1P18858 ANGPTL2-201ENST00000373417 2575 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIG1P18858 PDXK-210ENST00000468090 7297 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIG1P18858 DTX3L-201ENST00000296161 5868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIG1P18858 SUCO-201ENST00000263688 5556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIG1P18858 BCAS3-221ENST00000588874 2948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIG1P18858 RIN3-201ENST00000216487 3859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIG1P18858 LINC01535-206ENST00000592712 1699 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
LIG1P18858 OS9-206ENST00000435406 2346 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
LIG1P18858 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
LIG1P18858 FBXL18-201ENST00000382368 3498 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LRRC17-201ENST00000249377 2002 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CLTCL1-212ENST00000622493 1714 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SPECC1L-ADORA2A-201ENST00000358654 6204 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC036108.2-201ENST00000566974 2562 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 EIF3CL-201ENST00000380876 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 HERPUD1-204ENST00000439977 2946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CICP1-201ENST00000416803 2410 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DENND3-211ENST00000519811 5482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 XG-202ENST00000419513 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SLC5A4-AS1-201ENST00000434942 876 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MAX-218ENST00000557746 571 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PTPN23-201ENST00000265562 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NSD2-203ENST00000382888 2666 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ARAP3-201ENST00000239440 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DHCR24-201ENST00000371269 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ARID4B-201ENST00000264183 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ZNF783-202ENST00000434415 4452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GALNT4-201ENST00000529983 5399 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DLX4-206ENST00000611342 1662 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NAPB-202ENST00000398425 3824 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NLRP13-201ENST00000342929 3132 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ACIN1-201ENST00000262710 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LINC00339-208ENST00000634934 1518 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SMARCA4-204ENST00000444061 4938 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ZNF800-203ENST00000393313 4358 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SYDE1-201ENST00000342784 3264 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ARHGEF4-217ENST00000611048 3486 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL117190.1-201ENST00000637474 1985 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CCDC13-201ENST00000310232 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MRGPRX4-201ENST00000314254 1444 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 FMO6P-201ENST00000236166 1620 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 IZUMO1-201ENST00000332955 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NIPSNAP3A-201ENST00000374767 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 WASHC1-201ENST00000442898 1827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RUNX3-203ENST00000399916 4340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PRELP-201ENST00000343110 5747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC103592.1-201ENST00000394513 664 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC009884.2-201ENST00000603110 324 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AKR1C2-202ENST00000421196 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC024075.2-201ENST00000598112 1473 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DUOXA1-205ENST00000558422 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 OFD1-202ENST00000380550 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PEG13-201ENST00000631594 5667 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DGCR8-201ENST00000351989 4514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ACIN1-204ENST00000397341 2738 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TMEM100-201ENST00000424486 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 IL18BP-205ENST00000393705 1549 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC003986.1-201ENST00000452700 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SHMT1P1-201ENST00000419974 1312 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 UMODL1-206ENST00000408989 5262 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms