Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 AL122018.1-201ENST00000446607 2310 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 USP44-203ENST00000537435 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SYBU-217ENST00000528331 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TNN-203ENST00000622870 3719 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MED6-201ENST00000256379 1995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RAB40A-201ENST00000304236 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PPT1-203ENST00000433473 2267 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CR383656.2-201ENST00000548656 2254 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ENDOV-207ENST00000518907 2418 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ZNF581-203ENST00000587252 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SP8-203ENST00000617581 3496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TUBB8-206ENST00000568584 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NFE2L1-218ENST00000583378 2051 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AJUBA-201ENST00000262713 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AL391839.2-201ENST00000412085 383 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CR383656.3-201ENST00000551315 183 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC011500.3-201ENST00000594676 647 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 COX10-AS1-206ENST00000602743 576 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NFATC4-221ENST00000555453 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PDE4A-209ENST00000592685 2707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MPZ-204ENST00000491222 1824 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PPHLN1-206ENST00000395580 1693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SETMAR-205ENST00000425863 1657 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 FAM153C-201ENST00000398106 1510 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CTXND1-201ENST00000560778 6890 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 THBS2-206ENST00000617924 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ZNF493-208ENST00000599461 1769 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LINC01002-209ENST00000631858 1761 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 HIC2-202ENST00000407598 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TMEM200A-204ENST00000617887 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MAN2B2-202ENST00000504248 2968 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SIGLEC6-201ENST00000343300 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MEFV-203ENST00000536379 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 IL6R-201ENST00000344086 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 FAM230C-201ENST00000623511 1970 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ALDH3B1-201ENST00000342456 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RAB25-201ENST00000361084 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CD300LG-203ENST00000377203 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 IL18BP-206ENST00000393707 1037 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 KAZN-204ENST00000400797 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC147651.3-201ENST00000429872 731 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 BX072579.1-201ENST00000449453 344 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC005077.3-201ENST00000449614 213 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RN7SL23P-201ENST00000484055 275 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC087741.1-205ENST00000572730 750 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NT5C-204ENST00000578337 582 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC027559.1-203ENST00000635726 517 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ERICH6-201ENST00000295910 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RUFY1-202ENST00000393438 2454 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ATP5J2-PTCD1-201ENST00000413834 2491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 HTR3E-205ENST00000436361 1371 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ZNF821-214ENST00000565601 1858 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 BRD1-205ENST00000457780 4997 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 GAS2L1-209ENST00000618518 3382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ABI2-213ENST00000424558 2240 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SLC43A3-214ENST00000529554 2207 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ALPL-206ENST00000539907 2241 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 EPB42-203ENST00000540029 2098 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 KRT4-204ENST00000551956 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 UNC5A-201ENST00000329542 3812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NIPA1-207ENST00000561183 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CEP250-201ENST00000397524 1419 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NUTM2A-202ENST00000381707 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 FAM90A1-203ENST00000538603 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 DDC-207ENST00000444124 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MYLK3-201ENST00000394809 6911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TMEM9-202ENST00000367332 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 FEM1B-201ENST00000306917 7122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SMARCA2-203ENST00000349721 5761 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SPACA3-201ENST00000269053 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 GON7-201ENST00000306954 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 EPPIN-201ENST00000336443 1217 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms