Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP3Q9Y6I4 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP3Q9Y6I4 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms