Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
ATG4BQ9Y4P1 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms