Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF3Q9UKF6 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms