Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC39Q9UFE4 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC39Q9UFE4 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC39Q9UFE4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms