Protein–RNA interactions for Protein: Q9P0L0

VAPA, Vesicle-associated membrane protein-associated protein A, humanhuman

Predictions only

Length 249 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAPAQ9P0L0 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VAPAQ9P0L0 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VAPAQ9P0L0 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms