Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
ZNF541Q9H0D2 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
ZNF541Q9H0D2 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC27.3■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
ZNF541Q9H0D2 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms