Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC54Q8NEL0 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CCDC54Q8NEL0 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.1 ms