Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PRPF39Q86UA1 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PRPF39Q86UA1 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms