Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS53Q5VIR6 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms