Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SOX4Q06945 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SOX4Q06945 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SOX4Q06945 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms