Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS41P49754 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS41P49754 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS41P49754 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS41P49754 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS41P49754 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS41P49754 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS41P49754 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS41P49754 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS41P49754 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS41P49754 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS41P49754 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS41P49754 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS41P49754 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS41P49754 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS41P49754 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS41P49754 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS41P49754 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS41P49754 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS41P49754 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS41P49754 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS41P49754 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS41P49754 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS41P49754 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS41P49754 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS41P49754 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS41P49754 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS41P49754 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS41P49754 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS41P49754 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms