Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC30.16■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC30.14■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
HOXC9P31274 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
HOXC9P31274 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms