Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A1P12109 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A1P12109 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms