Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PCDHGB3-201ENST00000576222 4727 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DDX54-201ENST00000306014 4377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC060814.4-201ENST00000594169 2163 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 LINC002481-201ENST00000499502 1821 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC12-201ENST00000291707 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 OFD1-201ENST00000340096 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SUSD6-201ENST00000342745 5388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ZNF384-201ENST00000319770 3266 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ENOX1-201ENST00000261488 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PITX2-211ENST00000613094 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 BCCIP-202ENST00000299130 2337 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ZHX2-201ENST00000314393 4624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PIK3R5-220ENST00000623421 4318 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ZBTB49-201ENST00000337872 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PPP1R11-205ENST00000376772 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC027369.3-201ENST00000530465 3707 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AL445250.1-201ENST00000641671 2259 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 NTN4-203ENST00000538383 1971 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SLC4A2-201ENST00000392826 3947 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 HPX-201ENST00000265983 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DCDC2-202ENST00000378454 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ELOVL4-201ENST00000369816 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ITPRIPL1-204ENST00000439118 1946 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AGAP2-203ENST00000547588 3579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DYNC1I1-201ENST00000324972 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 MYRIP-203ENST00000425621 2981 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ARMC7-201ENST00000245543 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DPY19L2P2-205ENST00000439473 3994 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PRDM10-202ENST00000358825 6322 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PRDM10-203ENST00000360871 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 TBX3-202ENST00000349155 4723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PBXIP1-203ENST00000368465 3144 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 OPN4-201ENST00000241891 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DHX37-201ENST00000308736 4550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 LINC02486-201ENST00000604157 3000 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DNM3-201ENST00000355305 3280 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 OR2C3-204ENST00000641802 8509 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SLC43A3-214ENST00000529554 2207 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 CCDC187-203ENST00000569961 3158 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PRAM1-201ENST00000423345 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 GRAMD1B-216ENST00000638157 3849 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 HRC-201ENST00000252825 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ZNF71-201ENST00000328070 5428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 CT62-203ENST00000566432 2822 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DNAJB13-201ENST00000339764 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PAX8-203ENST00000348715 3966 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 EPN2-202ENST00000347697 4664 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SIRT2-201ENST00000249396 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SIRT2-204ENST00000392081 2062 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 PAQR3-209ENST00000512733 9811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 REV3L-207ENST00000435970 10943 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 SNCA-204ENST00000394989 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ACO1-203ENST00000541043 3618 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ASB3-204ENST00000406687 2205 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 ALPL-206ENST00000539907 2241 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 IFT172-203ENST00000416524 1982 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 DTX1-201ENST00000257600 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 AC022497.1-201ENST00000624916 3691 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC112Q8NEF3 OR2A25-202ENST00000641441 1733 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms