Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AP1B1-208ENST00000432560 4146 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ELK1-201ENST00000247161 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 OSBPL1A-201ENST00000319481 4195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 WARS2-201ENST00000235521 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LINC00665-206ENST00000590622 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 GLB1L3-201ENST00000389887 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MED6-201ENST00000256379 1995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FAM198B-201ENST00000296530 4985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 C16orf45-202ENST00000452191 1865 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DAB2IP-202ENST00000309989 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DCHS1-201ENST00000299441 10765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TUBB8-206ENST00000568584 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TMPRSS6-201ENST00000346753 3197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SNCA-204ENST00000394989 3167 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 BTBD6P1-201ENST00000412176 1267 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NDRG1-209ENST00000518176 888 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 HOXC4-202ENST00000430889 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LINC00987-201ENST00000427111 2472 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC125807.2-201ENST00000513358 3514 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LATS1-207ENST00000543571 7517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 UBE2D3-210ENST00000453744 3990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIG1P18858 OTOF-202ENST00000338581 4954 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 KIZ-213ENST00000620891 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ACP7-201ENST00000331256 2966 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EBF3-201ENST00000355311 2993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NEK4-202ENST00000383721 2576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CYTH2-203ENST00000427476 4606 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RGS3-205ENST00000374134 2862 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DAAM2-201ENST00000274867 6194 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 USP2-201ENST00000260187 3732 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PLXNB3-209ENST00000538966 6377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LIMD1-202ENST00000440097 2773 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PCDHGB7-202ENST00000612073 2785 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RBM6-211ENST00000443081 4010 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PIAS1-202ENST00000545237 2932 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DPEP2-202ENST00000393847 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NADK-202ENST00000341991 3098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PRRT3-203ENST00000412055 3761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ABCB9-203ENST00000346530 3399 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL358472.3-201ENST00000608147 415 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CNKSR2-203ENST00000425654 5668 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CTBP1-AS2-206ENST00000581398 5652 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 BEND3P3-201ENST00000611030 2440 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LDLRAD2-201ENST00000344642 4012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 S100PBP-203ENST00000373476 3320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ATP5J2-PTCD1-201ENST00000413834 2491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 POU2F2-204ENST00000526816 3218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MAPK12-203ENST00000395780 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PPP1R13L-201ENST00000360957 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SDC1-202ENST00000381150 3291 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LSM14A-203ENST00000544216 3596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CBFA2T3-201ENST00000268679 4477 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SLC43A2-201ENST00000301335 8136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SPATS2-223ENST00000553127 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RPS6KA2-204ENST00000481261 2297 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RXRG-204ENST00000619224 2252 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ARMC7-201ENST00000245543 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CSNK1A1P1-201ENST00000430593 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 HELZ2-204ENST00000467148 8064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NSF-201ENST00000398238 3983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL772337.1-201ENST00000399186 2014 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms