Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 DDX21-202ENST00000620315 4829 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RALGAPA1-201ENST00000307138 7911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ZC3HAV1-203ENST00000464606 4776 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 BBS2-201ENST00000245157 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 UHRF1BP1L-201ENST00000279907 5168 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 Z84468.1-201ENST00000626321 1408 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 SERP1-201ENST00000239944 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ASTN2-206ENST00000361477 4001 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 UBA1-201ENST00000335972 3559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RNF123-202ENST00000432042 2670 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PRDM10-204ENST00000423662 5998 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PTPRO-201ENST00000281171 5301 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ABCA7-202ENST00000433129 6704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RPS6KC1-201ENST00000366959 5454 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RPS6KC1-202ENST00000366960 5490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RSPRY1-202ENST00000537866 3586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 POM121-201ENST00000358357 5320 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 IRAK4-212ENST00000551736 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ACTL7A-201ENST00000333999 1494 ntAPPRIS P1 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 HFE-201ENST00000309234 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 GUSBP10-201ENST00000417412 665 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AL355803.1-201ENST00000455524 188 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 MYL7-209ENST00000458240 791 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC093627.2-201ENST00000497017 568 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RNA5SP417-201ENST00000516459 108 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 EMP2-203ENST00000536829 781 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 NPTN-204ENST00000562924 1094 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC145207.8-201ENST00000580897 563 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC114296.1-204ENST00000637197 1173 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TAF4B-203ENST00000578121 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 SOGA3-201ENST00000465909 3756 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 MYLK-203ENST00000359169 7585 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TCHH-202ENST00000614923 6995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LINC01230-201ENST00000625222 3017 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LINC02021-201ENST00000504808 1608 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 LY86-202ENST00000379953 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 PSMA1-202ENST00000418988 1266 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TAC3-208ENST00000441881 731 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 ERP29P1-201ENST00000442902 706 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
USP39Q53GS9 TXNRD2-206ENST00000462330 1129 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms