Protein–RNA interactions for Protein: P41273

TNFSF9, Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9, humanhuman

Predictions only

Length 254 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFSF9P41273 TCEA3-201ENST00000374601 1197 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ELN-208ENST00000380575 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 DNAJB1P1-201ENST00000429417 1024 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 PARP3-203ENST00000431474 2360 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AL391415.1-201ENST00000439844 400 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 DCST1-AS1-201ENST00000452962 822 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 KCNT1-209ENST00000490355 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 NAA40-205ENST00000539656 577 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AC111170.1-201ENST00000591110 1132 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 BCL2L12-204ENST00000594157 620 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 Metazoa_SRP.69-201ENST00000615730 281 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 TIE1-201ENST00000372476 3882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 PPP1R12A-AS1-201ENST00000552885 3234 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 KDM2B-205ENST00000536437 2762 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 FLOT2-210ENST00000585169 2585 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SGK2-201ENST00000341458 2498 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SMG9-211ENST00000601170 2387 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 RERG-201ENST00000256953 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 XRCC6-202ENST00000360079 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SHMT2-203ENST00000449049 2121 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SLC9B1-201ENST00000296422 1879 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AAMP-204ENST00000444053 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 MAGEA4-201ENST00000276344 1724 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ARFIP1-203ENST00000405727 1601 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CLCN1-201ENST00000343257 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 LIMS4-204ENST00000632897 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AC026790.1-201ENST00000399760 2941 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 MFAP3-201ENST00000322602 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CTSS-202ENST00000448301 1421 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ANXA8L1-202ENST00000611655 1398 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ZNF663P-201ENST00000400371 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AC074138.1-201ENST00000611182 1303 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CMTM1-201ENST00000328020 981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 MT1H-201ENST00000332374 397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CMTM1-202ENST00000332695 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SAT1-201ENST00000379251 801 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SAT1-202ENST00000379253 909 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SAT1-203ENST00000379254 868 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SAT1-204ENST00000379270 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CMTM1-205ENST00000379500 1064 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 GSTT2-201ENST00000402588 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AL118508.1-202ENST00000411595 709 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 HINT2P1-201ENST00000419438 481 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 PPP1R2P4-201ENST00000424051 595 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 IL1R2-203ENST00000441002 1106 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ORAOV1P1-201ENST00000503108 395 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CMTM1-209ENST00000528324 749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 POLD4-206ENST00000530584 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 POLD4-208ENST00000532830 904 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CMTM1-217ENST00000533666 493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 MT3-203ENST00000565838 421 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AC093330.1-206ENST00000582546 812 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SRD5A3-AS1-211ENST00000599135 737 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ZFP64-203ENST00000361387 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 C10orf88-204ENST00000481909 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 FAM219A-204ENST00000379081 3543 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AFAP1L1-205ENST00000515000 2319 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 PRMT7-202ENST00000441236 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CDK20-201ENST00000325303 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 THBS4-201ENST00000350881 3222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 MAPKAP1-204ENST00000373498 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 ANO10-202ENST00000350459 2039 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 SLC25A35-201ENST00000380067 2785 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 HDAC11-213ENST00000437379 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 CEP70-201ENST00000264982 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
TNFSF9P41273 PIGV-202ENST00000374145 2713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.7 ms