Protein–RNA interactions for Protein: Q12946

FOXF1, Forkhead box protein F1, humanhuman

Predictions only

Length 379 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXF1Q12946 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
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FOXF1Q12946 AFAP1L1-205ENST00000515000 2319 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
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FOXF1Q12946 GABRG3-208ENST00000615808 10768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 TBC1D24-207ENST00000627285 4382 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 PCDHB16-201ENST00000609684 5001 ntAPPRIS P1 BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 BRD7P5-201ENST00000299197 1822 ntBASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 BTNL8-211ENST00000610640 1488 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 RPS6KC1-207ENST00000543470 4227 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 HNRNPH3-201ENST00000265866 2339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 CEP131-202ENST00000374782 3505 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
FOXF1Q12946 RIOK3-207ENST00000581585 1966 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.34
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