Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 HIST1H4I-201ENST00000615353 1294 ntAPPRIS P1 BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC025262.2-201ENST00000623975 1056 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PAPPA-201ENST00000328252 10959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 KCNN3-202ENST00000358505 1658 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FAM69C-202ENST00000400291 1329 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 TMPRSS6-202ENST00000381792 3260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 CTSL-201ENST00000340342 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 RNF122-201ENST00000256257 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 KIAA0319-204ENST00000537886 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 HOGA1-203ENST00000370647 1999 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 KBTBD12-202ENST00000405109 5727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 GLUL-203ENST00000339526 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PLXNB3-209ENST00000538966 6377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FBXL21-202ENST00000467490 1742 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 LINC00174-204ENST00000421767 4702 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 KIAA0319-201ENST00000378214 6802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 PDCD5-202ENST00000379316 154 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AL606748.1-201ENST00000423919 655 ntTSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 TCL1A-205ENST00000555202 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 BCL2L12-204ENST00000594157 620 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 DLK1-201ENST00000331224 1324 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 CCNH-201ENST00000256897 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 MTMR9-202ENST00000526292 1960 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 OR2C3-201ENST00000366487 8467 ntAPPRIS P1 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 NMUR1-201ENST00000305141 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 GABPA-202ENST00000400075 4814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 LMX1B-202ENST00000373474 5797 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 POU5F1-204ENST00000471529 1723 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 RAPGEF1-202ENST00000372190 6045 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 VLDLR-202ENST00000382099 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SLC12A5-211ENST00000616933 6166 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PAX8-AS1-204ENST00000436293 2687 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 DEFB123-201ENST00000376309 467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 GNRH2-204ENST00000380347 758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 MIR1227-201ENST00000408484 88 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AL009181.1-201ENST00000418471 1085 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
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