Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CPSF3Q9UKF6 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF3Q9UKF6 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms