Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS54Q9P1Q0 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS54Q9P1Q0 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms